Nació el 26 de enero de 1813, hijo del comerciante español Juan José Duarte, nacido en Vejer de la Frontera, Cadiz, y de Manuela Diez y Jiménez , oriunda de El Seibo, República Dominicana, hija a su vez de padre español y madre dominicana.

Luego de que las tropas del haitiano Toussaint L'Ouverture llegaron al país en 1801, los Duarte salieron hacia Puerto Rico, donde les nació su hijo Vicente Celestino. La familia regresó al país luego de terminada la guerra de la Reconquista en 1809, cuando el país volvió a ser colonia española.

Su padre trabajó tesonera y provechosamente en su negocio de efectos de marina y ferretería, único en su género en la ciudad de entonces. En esta época nacieron, además de Juan Pablo, dos de los cinco hijos llegados a mayores: Filomena y Rosa. Nacieron otros que murieron en la infancia.

Juan Pablo fue bautizado en la Iglesia de Santa Bárbara el 4 de febrero de 1813. Sus primeras enseñanzas las recibió de su madre y, más tarde, asistió a una pequeña escuela de párvulos dirigida por una profesora de apellido Montilla. De allí pasó a una escuela primaria para varones cuyo nombre se desconoce, donde desde muy temprano dio muestras de una gran inteligencia. Fue admitido más tarde en la escuela de don Manuel Aybar, completando sus conocimientos de lectura, escritura, gramática y aritmética elemental.

Siendo casi un niño recibió clases sobre teneduría de libros para pasar, ya adolescente bajo la tutoría del doctor Juan Vicente Troncoso, uno de los más sabios profesores de entonces. Con él estudió Filosofía y Derecho Romano, mostrando, una vez más, su gran deseo de superación y de amor por los estudios.

Sus padres deciden entonces enviarlo al extranjero para completar su educación. Se cuenta que, cuando emprendió el viaje con destino a España vía Nueva York, el capitán de la nave en que se transportaba y el Sr. Pablo Pujol, a quien fue recomendado, conversaban haciendo comentarios desafortunados sobre Santo Domingo y al preguntarle el primero a Duarte sino le avergonzaba decir que era haitiano, el joven, que contaba apenas unos quince años de edad, respondió con gallardía: "Yo soy dominicano".

En Nueva York, donde probablemente permaneció algunos meses, perfeccionó el estudio de idiomas y luego partió para España, deteniéndose en Londres y en Paris. Al llegar a España se radicó en Barcelona, donde tenía parientes.

Sin duda alguna, este viaje abrió nuevas perspectivas. Se especula, puesto que no hay registros confiables, que tanto durante su permanencia en Nueva York como en Inglaterra, se interesó por la política y la organización de sus instituciones. Su permanencia en Francia fue breve, pero en un interesante momento pre revolucionario que debió impresionarlo. En ese momento, por cierto, toda Europa se encontraba en plena ebullición política y durante los dos años que permaneció en Barcelona, el joven viajero, inclinado por naturaleza y su inteligencia hacia la justicia y la libertad, probablemente se sintió atraído a fondo por tal ebullición.

Las doctrinas políticas que sacudían por entonces al viejo continente eran: el romanticismo, el liberalismo, el nacionalismo y el socialismo utópico. Duarte se sintió especialmente atraído por determinados aspectos del romanticismo y del nacionalismo. Mientras estudiaba Derecho en Barcelona, se perfilaba su ideario político, en el cual fraternizaban el nacionalismo y el liberalismo, levantándose sobre un fondo romántico, teñido de religiosidad.

De regreso al país, se lanzó a una lucha sin tregua por concretar el propósito que lo alentaba: conseguir que su país, que consideraba depositario de una cultura propia, alcanzara su independencia política, organizándose más tarde sobre la base del institucionalismo de la democracia representativa, que era, a su vez, fruto de un pensamiento liberal. Duarte estaba convencido de que la fusión entre dominicanos y haitianos no era viable por responder a culturas diferentes. Su posición no nacía en modo alguno por diferencias raciales, puesto que no admitía el racismo, sino atendiendo a las diferencias culturales.

En el seno de la clase media urbana sus ideas encontraron un gran eco. En ese momento la aristocracia, casi en su totalidad, se solidarizaba con los haitianos, lo que impidió obtener su cooperación durante los primeros años de lucha. Al irse ensanchando el movimiento Duarte vio la necesidad de crear una sociedad clandestina y siguiendo el modelo de la sociedad europea "Los Carbonarios", funda "La Trinitaria" para que asumiera la responsabilidad de dirigir las actividades. Esta sociedad, que respondía a una estructura celular tenía por lema "Dios, Patria y Libertad". Más adelante surgió otra sociedad "La Filantrópica" destinada a realizar una importante labor de propaganda mediante la representación de piezas teatrales.

Tras intensa labor y varios años de lucha, finalmente se logra la independencia del país la noche del 27 de febrero de 1844. Juan Pablo Duarte, junto a Francisco del Rosario Sánchez, Matías Ramón Mella y muchos otros dominicanos, cubiertos de gloria, quedan registrados con letras de oro en la historia de la República Dominicana.

Las debilidades humanas y las maquinaciones políticas, traiciones al ideario y al inmaculado hombre, que se mantuvo siempre presto a defender su nación frente a los ruines anexionistas, que abundaron, llevan a Duarte al exilio en Venezuela, donde fallece, enfermo de cuerpo y de alma el 15 de julio de 1876.